Vidéo: Comment les contigs sont-ils assemblés en échafaudages ?
2024 Auteur: Miles Stephen | [email protected]. Dernière modifié: 2023-12-15 23:36
Lors de la création d'un projet de génome, les lectures individuelles d'ADN sont d'abord assemblés en contigs , qui, par la nature de leur Assemblée , ont des écarts entre eux. La prochaine étape est à puis combler les écarts entre ces contig à créer un échafaud . Cela peut être fait en utilisant soit une cartographie optique, soit un séquençage de paires mate.
De même, vous pouvez demander, que sont les contigs et les échafaudages ?
UNE échafaud est une partie de la séquence du génome reconstruite à partir de clones de fusil de chasse du génome entier séquencés en bout. Échafaudages sont composés de contigs et les lacunes. UNE contig est une longueur contiguë de séquence génomique dans laquelle l'ordre des bases est connu à un niveau de confiance élevé. Dans certains cas, échafaudages peuvent se chevaucher.
Aussi, qu'est-ce que les contigs en bioinformatique ? UNE contig (de contigu) est un ensemble de segments d'ADN qui se chevauchent qui représentent ensemble une région consensus d'ADN. Contigus peut ainsi désigner à la fois une séquence d'ADN chevauchante et des segments physiques chevauchants (fragments) contenus dans des clones selon le contexte.
À cet égard, comment sont assemblés les contigs ?
L'ensemble de la séquence d'ADN chevauchante de fragments d'ADN est connu sous le nom de contig . Contig la cartographie est un processus par lequel les clones qui se chevauchent sont assemblé pour séquencer ce chevauchement. Il s'agit d'organiser le contig dans l'ordre et l'orientation. Cloner contig peut être automatiquement assemblé en utilisant leurs séquences BAC-end.
Pourquoi les contigs sont-ils importants ?
Contig l'assemblage est un important étape de l'assemblage du génome. Pour la cartographie, les clones chevauchants sont assemblés pour séquencer qui se chevauchent. Chaque fragment est cloné dans un vecteur et séquencé à partir des deux extrémités pour produire une longueur de séquence d'environ 600 à 700 pb. La séquence des deux extrémités du fragment d'ADN est appelée extrémité de paire.
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